南京生物医药分中心助力snCED-seq技术斩获突破性进展

抖音快讯 2025年08月21日 07:17 1 admin

【来源：南京市江北新区管理委员会_部门动态】

近日，东南大学生物科学与医学工程学院赵祥伟教授团队联合上海市营养与健康研究所在国际权威学术期刊《Nature Communications》发表了题为“snCED-seq: high-fidelity cryogenic enzymatic dissociation of nuclei for single-nucleus RNA-seq of FFPE tissues”（snCED-seq：低温酶解高保真细胞核用于FFPE组织的单核转录组测序）的文章。南京生物医药分中心多组学研究平台为项目研究提供测序技术服务，为创新研究筑牢坚实数据基石。

该项目构建了一种高保真的细胞核提取策略——低温酶解离（CED）法，通过结合随机引物捕获全转录组成功实现FFPE样本的高通量单核RNA测序（snCED-seq）。该技术通过显著提升FFPE组织细胞核提取效率与RNA完整性，不仅为历史病理样本的单细胞水平重解析提供了产业化应用的技术支撑，更高效赋能临床大规模样本组学研究的规模化落地，为精准医疗、新药研发等产业链环节的技术转化与产业升级注入关键动力。

项目建立了一套全新的低温酶解核提取策略（CED），专为FFPE及PFA固定组织优化设计。该策略不仅适用于组织切片，也兼容石蜡包埋组织块，显著提升了FFPE样本在疾病机制研究中的实用性与通用性。团队进一步结合基于随机引物的建库方式，同时捕获polyA和非polyA的转录本，以应对FFPE样本中RNA降解和泄漏造成的数据缺失难题。

此外，研究团队还将snCED-seq技术拓展至人类FFPE样本，仅在单张50μm厚的FFPE肺旁癌组织切片，即可高效分离出约15万个高纯度细胞核，并成功鉴定出多种主要细胞类型及其新型标志基因，进一步验证了该方法的通用性与临床适应性。

分中心多组学研究平台可提供涵盖基因组、表观组、转录组、微生物组、单细胞转录组、单细胞时空组等全流程服务，更可根据项目的具体需求，量身定制个性化实验与分析方案，提供精准服务。

未来，南京生物医药分中心将持续深度赋能高校科研团队在基因组学、转录组学等多领域突破源头创新，通过专业化概念验证技术服务，精准衔接实验室成果与产业需求，助推技术成果从科研突破迈向产业化应用。

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